我所在節(jié)瓜基因組組裝和強雌性狀基因挖掘方面取得新進展
近日，我所瓜類研究一室在園藝領(lǐng)域期刊Horticulture Research(中科院一區(qū)，IF=7.6）上發(fā)表題為“Chromosome-level genome assembly and population genomics reveals crucial selection for subgynoecy development in chieh-qua”的研究論文。我所王敏副研究員為論文第一作者，我所楊松光副研究員、彭慶務(wù)研究員和中國水稻研究所魯宏偉副研究員為論文共同通訊作者。
節(jié)瓜屬葫蘆科冬瓜屬冬瓜種，是華南特色蔬菜作物，其營養(yǎng)豐富，風(fēng)味獨特，具有清熱、解暑等功效，是重要的功能保健型蔬菜，已成為我國內(nèi)銷和出口的名優(yōu)特產(chǎn)蔬菜。節(jié)瓜以幼嫩果實為主要商品器官，是雌雄異花植物，具有豐富的性別類型。強雌株可以將雌花節(jié)率（一般在80%以上）提高到合適比例，除了主蔓底部幾節(jié)雄花外，后續(xù)連續(xù)出現(xiàn)的均是雌花，避免畸形瓜等現(xiàn)象，顯著提高了節(jié)瓜的商品價值。因此，強雌性對與節(jié)瓜提早上市、延長采收期、提高種子純度具有重要意義。
本研究團隊利用三代Nanopore sequence、Hi–C和BUSCO技術(shù)，組裝了高質(zhì)量的節(jié)瓜A36基因組，掛載于12條染色體，基因組全長952.5 Mb，Contig N50為6.9 Mb，Scaffold N50為68.2 Mb，基因組的完整性為96.1%。利用重測序的129份不同節(jié)瓜資源的自然群體，開展了強雌性狀的GWAS分析，其中CqSg8.1位點位于8號染色體231.6 kb范圍內(nèi)，區(qū)間內(nèi)的BhiCQ0880026447是強雌性狀的關(guān)鍵候選基因。本研究為深入研究該基因調(diào)控節(jié)瓜強雌性狀的分子機制，豐富葫蘆科性型調(diào)控理論奠定了很好的基礎(chǔ)。
本研究得到了國家自然科學(xué)基金項目，院科技創(chuàng)新戰(zhàn)略專項資金（高水平農(nóng)科院建設(shè)）項目，院農(nóng)業(yè)優(yōu)勢產(chǎn)業(yè)學(xué)科團隊建設(shè)項目的資助。
原文鏈接：https://doi.org/10.1093/hr/uhae113
節(jié)瓜A36基因組組裝
部分重測序節(jié)瓜種質(zhì)資源