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作物所南藥巴戟天研究取得新進(jìn)展
近日，作物所科技人員在著名期刊《Horticulture Reaearch》（TOP1區(qū)，IF5.404）上發(fā)表了高質(zhì)量南藥巴戟天基因組研究成果，成功組裝巴戟天染色體級(jí)高質(zhì)量基因組。作物所王繼華研究員、徐世強(qiáng)博士為共同第一作者。
巴戟天具有1700余年藥用歷史，是我國(guó)著名的“四大南藥”之一。廣東省的巴戟天栽培面積最大，產(chǎn)量占全國(guó)總產(chǎn)量的90%以上，歷史道地產(chǎn)區(qū)在我省肇慶市，其中高要巴戟天獲得國(guó)家“道地藥材”和“中華人民共和國(guó)地理標(biāo)志保護(hù)產(chǎn)品”認(rèn)證。揭示中藥材的道地性一直以來(lái)是南藥領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)。長(zhǎng)期以來(lái)，高質(zhì)量的巴戟天基因組圖譜的缺乏制約了其功能基因組學(xué)和分子育種的發(fā)展，本研究將為巴戟天的遺傳改良以及活性成分的合成調(diào)控提供了重要的理論基礎(chǔ)。
近年來(lái)，作物特色作物與南藥研究室在“院人才培養(yǎng)基金”及“所長(zhǎng)基金”等資助下啟動(dòng)了以巴戟天為代表的“道地南藥基因組計(jì)劃”。本次與亞熱帶農(nóng)業(yè)生物資源保護(hù)與利用國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、廣西大學(xué)等多家單位和企業(yè)聯(lián)合，采用Oxford Nanopore三代測(cè)序（130X）和Hi-C 技術(shù)（115X）對(duì)廣東省高要市主要栽培品種“高戟3號(hào)”進(jìn)行測(cè)序，首次組裝巴戟天染色體級(jí)高質(zhì)量基因組。組裝的參考基因組大小為484.85 Mb，雜合度為1.32%，contig N50為4.21 Mb,scaffold N50為40.97 Mb，BUSCO指數(shù)為97.02%，注釋獲得27,102個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因。同時(shí)，本研究還對(duì)蒽醌類、環(huán)烯醚萜類和多糖類成分生物合成的結(jié)構(gòu)基因的表達(dá)模式進(jìn)行了分析。
原文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41438-021-00551-w
