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果樹所龍眼研究團隊首次破譯染色體水平的高質(zhì)量龍眼基因組
近日，果樹所聯(lián)合北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院等多家單位合作撰寫題為“Genomic insights into longan evolution from a chromosome-level genome assembly and population genomics of longan accessions”的研究論文在《Horticulture Research》（中科院大類一區(qū)，IF=6.793）在線發(fā)表。果樹所王靜博士和李建光研究員為論文共同第一作者，北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院郭立研究員和中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所錢萬強研究員、果樹所李建光研究員為共同通訊作者。
該論文結(jié)合單分子測序技術(shù)和染色體構(gòu)象捕獲技術(shù)，完成了龍眼栽培品種“雞蛋本”的基因組序列破譯工作，獲得了染色體級別的龍眼參考基因組。本次發(fā)布的龍眼基因組序列大小為455.5Mb，Contig N50達到了12.1 Mb，BUSCO分析結(jié)果顯示基因組完整性為98.1%。Hi-C輔助組裝技術(shù)組裝到染色體水平基因組（圖1a）。基因家族鑒定及分析結(jié)果表明，龍眼中的苯丙烷類生物合成相關(guān)基因家族數(shù)量擴增。
龍眼的基因組學(xué)和種群結(jié)構(gòu)分析
通過對87個龍眼種質(zhì)基因組遺傳變異分析，發(fā)現(xiàn)龍眼群體表現(xiàn)出明顯的地理結(jié)構(gòu)，揭示了不同地理起源品種間明顯的群體混合和滲入現(xiàn)象，推測龍眼可能的遷徙軌跡。利用高質(zhì)量基因組和豐富的遺傳材料，研究人員進行了GWAS分析，鑒定了6個與果實品質(zhì)顯著相關(guān)的數(shù)量性狀基因座（QTL），發(fā)現(xiàn)了3個潛在控制可溶性固形物和種子重量的QTLs位點。高質(zhì)量的基因組組裝、注釋和進化分析對龍眼的功能基因組研究和分子育種具有重要價值，為提高龍眼產(chǎn)量、果實品質(zhì)和開發(fā)龍眼的藥用價值奠定了堅實的分子理論基礎(chǔ)。
GWAS關(guān)聯(lián)分析龍眼種子大小與果實可溶性固形物含量性狀
