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蔬菜所與福建省農(nóng)科院食用菌研究所合作完成白肉靈芝全基因組研究
近日，我院蔬菜所何煥清研究員團(tuán)隊(duì)與福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院食用菌研究所陳體強(qiáng)研究員團(tuán)隊(duì)合作完成白肉靈芝Ganoderma leucocontextum strain H4的全基因組測(cè)序、組裝與注釋分析。該項(xiàng)目從雙核菌絲體提取高質(zhì)量的總DNA，采用Nanopore三代測(cè)序，組裝得到的基因組由66條無(wú)gap的Scaffold構(gòu)成，序列總長(zhǎng)54.027Mb；用于組裝糾正的二代測(cè)序數(shù)據(jù)（5,800Mb，Illumina Hiseq）覆蓋率達(dá)98.98%，BUSCO評(píng)估基因組完整性 BUSCOs (C) 比例達(dá)97.62%；該基因組編碼16,257個(gè)基因，目前獲得功能注釋的基因總數(shù)達(dá)14,189（總注釋率87.28%）。
白肉靈芝原產(chǎn)于中國(guó)西南川藏高原地區(qū)的重要靈芝種類(lèi)，為靈芝復(fù)合種（G. lucidum complex）的新成員。2016年，我院蔬菜所開(kāi)始在西藏林芝地區(qū)的白肉靈芝示范基地進(jìn)行段木種植與代料袋栽試驗(yàn)，選育得到H4等栽培菌株。2021年11月，廣東省微生物研究所發(fā)表了第一個(gè)白肉靈芝單核化菌株DH-8的單倍體基因組，序列總長(zhǎng)為50.05Mb，由58條Scaffolds構(gòu)成，預(yù)測(cè)到13,390個(gè)基因，基因組BUSCOs完整率為96.55%，（https://doi.org/10.1093/g3journal/jkab337）；NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)顯示該基因組大小為49.523Mb（GenBank: GCA_020736865.1），相當(dāng)于本研究完成的白肉靈芝基因組的單倍體長(zhǎng)度49.2Mb（Genome Scope評(píng)估）。本次合作完成的白肉靈芝基因組為后續(xù)開(kāi)展中國(guó)栽培靈芝的比較基因組學(xué)分析與白肉靈芝特有基因家族的挖掘與利用奠定基礎(chǔ)。
