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我院成功開發(fā)黃羽肉雞種質(zhì)溯源液相芯片——粵源一號
種業(yè)是國家戰(zhàn)略性、基礎(chǔ)性的核心產(chǎn)業(yè)。近年來，國家對種業(yè)知識產(chǎn)權(quán)保護的重視程度不斷提升，強調(diào)要建立可靠的低成本種質(zhì)溯源技術(shù)方法，以保障種業(yè)知識產(chǎn)權(quán)。
雞肉是我國僅次于豬肉的第二大肉類來源，其中約30%是黃羽肉雞。黃羽肉雞作為廣東省的優(yōu)勢種業(yè)之一，截至2022年底通過國家級審（鑒）定的廣東黃羽肉雞配套系有25個，占比超36%，全國超過60%的黃羽肉雞父母代種苗由廣東省供應。然而，種業(yè)知識產(chǎn)權(quán)保護力度不足，一直是制約廣東省乃至整個黃羽肉雞種業(yè)高質(zhì)量發(fā)展的重要因素。在黃羽肉雞產(chǎn)業(yè)，由于缺乏可靠的低成本種質(zhì)溯源技術(shù)方法作為支撐，依然存在大量的父母代種雞和商品代肉雞的套牌生產(chǎn)與銷售，嚴重損害相關(guān)育種企業(yè)利益的同時，也極大抑制了黃羽肉雞種業(yè)原始創(chuàng)新的活力。
近日，豬禽種業(yè)全國重點實驗室——我院動科所家禽育種團隊與康普森生物技術(shù)公司合作，成功開發(fā)出首款黃羽肉雞低密度種質(zhì)溯源液相芯片——粵源一號。這款芯片密度低于10K，包含9,998個SNPs，其中用于種質(zhì)溯源的位點有9,737個，另外還有261個與抗病性狀相關(guān)的位點。其具有位點多態(tài)性好、準確率高、基因組覆蓋全面、成本低、效果好等特點，特別適用于黃羽肉雞父母代種雞和商品代肉雞的種質(zhì)溯源。
芯片以豬禽種業(yè)全國重點實驗室——我院動科所家禽育種團隊多年研究數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)，通過對國內(nèi)外28個代表性地方品種、商業(yè)雞種和紅色原雞群體進行高深度（平均測序深度>30×）全基因組重測序，同時結(jié)合康普森CAGT?靶向捕獲測序技術(shù)，創(chuàng)制出國內(nèi)首款密度低于10K可用于群體遺傳背景高度近似的黃羽肉雞種質(zhì)溯源液相芯片。芯片共含有9,998個SNPs，其中包含用于種質(zhì)溯源的位點9,737個，和抗病性狀相關(guān)位點261個。
粵源一號具有位點多態(tài)性好、準確率高、基因組覆蓋全面、成本低、效果好等特點，可用于家雞的群體遺傳關(guān)系鑒定，尤其是對大量群體遺傳背景高度近似的黃羽肉雞父母代種雞和商品代肉雞的種質(zhì)溯源等?；浽匆惶柕膭?chuàng)制，對加強黃羽肉雞種業(yè)知識產(chǎn)權(quán)的保護、保障黃羽肉雞種業(yè)高質(zhì)量發(fā)展具有重要意義。
粵源一號特點及優(yōu)勢
一是品種針對性強。芯片設(shè)計基于國內(nèi)外28個地方雞種、商業(yè)雞種和紅色原雞群體所構(gòu)建的高質(zhì)量數(shù)字化基因庫，囊括了大量國內(nèi)外家雞的群體遺傳多樣性信息。芯片位點是經(jīng)高深度測序（平均測序深度>30×）和嚴格篩選得到，位點多態(tài)性高、檢出率高，同時重點考慮了抗病性狀，適用于國內(nèi)地方雞種和大量群體遺傳背景高度近似的黃羽肉雞的種質(zhì)溯源，及抗病相關(guān)的基因組育種。二是芯片性能優(yōu)良。芯片產(chǎn)品穩(wěn)定性好，重復樣本基因型一致率>99%，能高效、可靠地對地方雞種和大量群體遺傳背景高度近似的黃羽肉雞父母代種雞和商品代肉雞進行群體遺傳關(guān)系的鑒定，實現(xiàn)地方雞種和黃羽肉雞的種質(zhì)溯源。三是高靈活性，高性價比?？筛鶕?jù)需求適當增加/刪減標記位點，進一步滿足不同的產(chǎn)品應用場景?；趪a(chǎn)化設(shè)計、檢測和分析流程，大大降低分型成本；采用自動化檢測流程，提升檢測通量和穩(wěn)定性。
粵源一號數(shù)據(jù)表現(xiàn)
?。?）SNP位點覆蓋所有染色體，每條染色體分布均勻，平均距離為95 Kb。
芯片位點在染色體上的分布
?。?）分型一致率：通過對3對重復樣本進行分型，顯示平均一致率達99.98%。
粵源一號樣品分型一致率展示
（3）芯片種質(zhì)溯源位點和全基因組位點，在地方雞種的群體遺傳關(guān)系鑒定上符合度高。
粵源一號種質(zhì)溯源位點（9737個SNPs）和全基因組位點在28個地方雞種、商業(yè)雞種和紅色原雞群體中的種質(zhì)溯源效力比較
?。?）芯片實測，能可靠實現(xiàn)對群體遺傳背景高度近似黃羽肉雞商品代肉雞的種質(zhì)溯源。
粵源一號芯片和全基因組重測序?qū)?家不同清遠麻雞育種公司的慢速型肉雞進行種質(zhì)溯源時的效力評估
以上結(jié)果表明，粵源一號位點選擇合理、芯片設(shè)計出眾，分型結(jié)果表現(xiàn)優(yōu)異，能夠滿足大量樣本的檢測需求。
粵源一號的應用
粵源一號的應用方向
