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水稻所在植物RNA修飾數(shù)據(jù)庫平臺(tái)助力植物RNA修飾研究方面取得新進(jìn)展
近日，水稻所生信育種團(tuán)隊(duì)聯(lián)合中國林科院、四川大學(xué)在國際知名學(xué)術(shù)期刊Nucleic Acids Research (2023 IF=14.9，5 YEAR IMPACT FACTOR：16.4)在線發(fā)表研究論文“PRMD: an integrated database for plant RNA modifications”。水稻所為第一完成單位，水稻所劉琦研究員為第一通訊作者，四川大學(xué)曹毅教授和中國林科院丁昌俊副研究員為共同通訊作者，四川大學(xué)郎小強(qiáng)博士、余春燕博士與水稻所沈夢(mèng)圓博士為論文共同第一作者。
近年來，模式植物系統(tǒng)中RNA修飾的范圍和功能已成為研究的熱點(diǎn)，然而，目前缺乏一個(gè)數(shù)據(jù)庫平臺(tái)能夠?qū)χ参颮NA修飾及其相關(guān)調(diào)控?cái)?shù)據(jù)進(jìn)行全面挖掘、注釋和可視化。
項(xiàng)目團(tuán)隊(duì)通過收集、整理和分析20種植物物種RNA大數(shù)據(jù)，開發(fā)了植物RNA修飾綜合數(shù)據(jù)庫(PRMD：http://bioinformatics.sc.cn/PRMD)，該數(shù)據(jù)庫不僅提供了一種直觀顯示信息的屆面，還提供了RMlevelDiff、RMplantVar、RNAmodNet和Blast等多種可視化和功能分析工具，并且通過mRNAbrowse、RNAlollipop、JBrowse和Integrative Genomics Viewer (IGV)等可視化屆面能清晰顯示相關(guān)的分析和統(tǒng)計(jì)結(jié)果。同時(shí)，項(xiàng)目團(tuán)隊(duì)利用數(shù)據(jù)庫對(duì)水稻馴化中RNA的修飾作用進(jìn)行了深入探討。PRMD對(duì)用戶完全免費(fèi)開放，后續(xù)版本中將進(jìn)一步添加和完善不同植物物種的不同種類RNA修飾數(shù)據(jù)。
該研究得到了廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院生物育種中心協(xié)同創(chuàng)新項(xiàng)目、國家自然科學(xué)基金以及林木遺傳育種國家重點(diǎn)研發(fā)項(xiàng)目等項(xiàng)目的資助。
原文鏈接：https://doi.org/10.1093/nar/gkad851
PRMD 數(shù)據(jù)庫流程圖
